-  Nghiên cứu cơ bản, nghiên cứu ứng dụng và nghiên cứu triển khai trong lĩnh vực thủy điện, thủy lợi miền núi, năng lượng gió, mặt trời, sóng, thủy triều, sinh học và các dạng năng lượng tái tạo khác, bao gồm: Xây dựng cơ chế, chính sách về đầu tư, xây dựng, quản lý và khai thác; xây dựng các công trình thủy điện gắn với phát triển nông nghiệp, nông thôn và bảo vệ môi trường; Thủy năng dòng chảy trong tua bin thủy lực và thiết bị điều khiển tự động; Chế tạo, tổ hợp, cung cấp lắp đặt các thiết bị thủy điện và năng lượng tái tạo khác, cơ điện thủy lợi miền núi và tham gia quá trình nội điạ hóa thiết bị thủy điện; Phát triển công nghệ về thiết bị, công trình thủy điện, năng lượng tái tạo khác và cấp nước cho miền núi (bơm va, bơm thủy luân và các thiết bị bơm dùng năng lượng tái tạo); Các giải pháp đảm bảo an toàn hồ chứa và bảo vệ môi trường cho các công trình thủy điện; Các giải pháp kỹ thuật về đường dẫn, đường ống áp lực, điều áp, thi công đường hầm và tuyến năng lượng.

-  Biên soạn quy trình, quy chuẩn kỹ thuật, tiêu chuẩn định mức kinh tế, kỹ thuật; Thiết kế thử nghiệm, xây dựng mô hình thử nghiệm, chuyển giao các kết quả nghiên cứu khoa học, công nghệ về thủy điện, thủy lợi miền núi và các nguồn năng lượng tái tạo khác.

-  Sản xuất, kinh doanh và xuất nhập khẩu thuộc lĩnh vực được giao; Đầu tư, xây dựng, cung cấp thiết bị, khai thác và quản lý các dự án, thông tin, tiếp thị KH&CN, đào tạo nâng cao trình độ nghiệp vụ, chuyên môn trong các lĩnh vực nghiên cứu nêu trên.

- Tư vấn xây dựng về quy hoạch, khảo sát, thiết kế, thẩm tra, giám sát thi công, quản lý dự án, kiểm tra chất lượng công trình: thủy điện, thủy lợi, cấp thoát nước, thủy sản, diêm sinh, cơ sở hạ tầng, công nghiệp, nông nghiệp và năng lượng.

-  Hợp tác quốc tế, liên doanh, liên kết trong nước và nước ngoài để thực hiện nhiệm vụ nghiên cứu khoa học và pháp triển công nghệ của viện.